Art Jeffries (Bruce Willis), ancien agent du FBI, doit protéger Simon, un enfant autiste de neuf ans dont la découverte menace la sécurité de l'état. Son aptitude à résoudre les puzzles les plus complexes lui a fait décrypter "fortuitement" le CODE MERCURY, le secret militaire le plus sophistiqué au monde. Ce code, développé au prix fort et réputé indéchiffrable par ses concepteurs, doit protéger les agents secrets des Etats-Unis à travers le monde.

Le lieutenant-Colonel Nick Kudrow (Alex Baldwin) responsable du projet, ordonne l'élimination de Simon sous couvert de "menace pour la sécurité de l'état". C'est sans compter sur Jeffries. Enquêtant sur le meurtre des parents de Simon, Jeffries recueille l'enfant et le protège des tuers à gages. Pourchassés, ils n'ont qu'une seule chance de survie : déjouer le complot et révéler la vérité au grand jour.